Introduction
Depuis le 1ᵉʳ septembre 2024, la CPAM n’applique plus la tolérance, et de ce fait, n’indemnise plus les jours non couverts par un arrêt de travail, même s'ils tombent un samedi ou un dimanche et même s’ils sont suivis d’une prolongation. Dorénavant, la CPAM applique à la lettre la Circ. intermin., n° DSS/SD2/2015/179 du 26 mai 2015, qui précise les règles d’indemnisations.
Que se passe-t-il avec cette fin de tolérance ?
Si l’interruption est inférieure ou égale à 2 jours (exemple courant : le week-end).
- Lorsque le deuxième arrêt de travail est coché Initial, alors il n’y a pas de changement, pour rappel :
-
- Pas d’indemnisation pour les jours non prescrits
- Nouveau délai de carence de 3 jours
- Nouvelle attestation de salaire à fournir
-
Côté déclaration : il n’y a pas de changement, pour rappel, un signalement d’arrêt de travail est attendu pour ce deuxième arrêt.
- Lorsque le deuxième arrêt est coché Prolongation, ce qui change :
-
- Plus d’indemnisation pour les jours non prescrits
Ce qui ne change pas :
-
- Pas de nouveau délai de carence de 3 jours
- Pas de nouvelle attestation de salaire à fournir
Exemple d'interruption inférieure ou égale à 48h sans reprise de travail entre les deux arrêts
Arrêt initial du 30/09 au 04/10 => Absence de certificat d’arrêt de travail du 05/10 au 06/10 => Prolongation du 07/10 au 11/10
Ce qui en découle :
- Délai de carence appliqué du 30/09 au 02/10
- Arrêt indemnisé pour la période du 03/10 au 04/10
- Non indemnisation pour la période du 05/10 au 06/10
- Arrêt indemnisé du 07/10 au 11/10 sans délai de carence
Si l’interruption est supérieure ou égale à 3 jours
- Peu importe si le deuxième arrêt est coché Initial ou Prolongation, il n’y a pas de changement, pour rappel :
-
-
- Pas d’indemnisation pour les jours non prescrits
- Nouveau délai de carence de 3 jours
- Nouvelle attestation de salaire à fournir
-
-
Côté déclaration : il n’y a pas de changement, pour rappel, un signalement d’arrêt de travail est attendu pour ce deuxième arrêt.
Exemple d’interruption supérieure ou égale à 3 jours sans reprise entre deux arrêts
Arrêt initial du 30/09 au 04/10 => Absence de certificat d’arrêt de travail du 05/10 au 07/10 => Prolongation du 08/10 au 11/10.
Ce qui en découle :
- Délai de carence appliqué du 30/09 au 02/10
- Arrêt indemnisé pour la période du 03/10 au 04/10
- Non indemnisation pour la période du 05/10 au 07/10
- Nouveau délai de carence appliqué du 08/10 au 10/10
- Arrêt indemnisé pour la période du 11/10
Le 7 janvier 2026, La MSA nous indique que depuis le 1ᵉʳ janvier 2026, elle aussi met fin à la tolérance de l'indemnisation des jours non prescrits entre deux avis d’arrêt de travail en cas de prolongation.
La MSA nous confirme que les entreprises concernées ont reçu les éléments aussi avec le rappel du décret d’application sur la fin de cette fin d’indemnisation. (“En application de l’article L. 321-1 du code de la sécurité sociale (CSS) pour les salariés agricoles et l’article L. 732-4 du code rural et de la pêche maritime (CRPM) pour les non-salariés agricoles, le versement des indemnités journalières à l’assuré par l’organisme d’assurance maladie est subordonné à la constatation par le médecin ou par la sage-femme de l’incapacité physique de continuer ou de reprendre le travail qui se formalise par un avis d’arrêt de travail indiquant les éléments d’ordre médical justifiant l’interruption de travail, ainsi que sa durée. Ainsi, les jours non couverts par un avis d’arrêt de travail ne peuvent faire l’objet d’une indemnisation.”)
Sources :
https://portail-employeurs.cpam79.fr/wp-content/uploads/2025/04/Flyer_finTolerance_Indemnisation-avril25.pdf
https://www.ameli.fr/entreprise/vos-salaries/arret-de-travail/indemnites-journalieres
